Hai Đại học Quốc gia sẽ do Bộ Giáo dục và Đào tạo quản lý, nhưng vẫn giữ quyền tự chủ và sử dụng con dấu có hình quốc huy. Đây là nội dung trong thông báo của Văn phòng Chính phủ về kết luận của Phó Thủ tướng Lê Thành Long về chức năng và nhiệm vụ của hai Đại học Quốc gia.