Thay vì cầu đường sắt đi chung với cầu đường bộ như cầu Đuống cũ, cầu vượt sông Đuống mới được xây 2 nguyên đơn nằm cách nhau hơn 100 mét để tách cầu đường sắt ra khỏi cầu đường bộ, đảm bảo an toàn giao thông và tránh ùn tắc, góp phần hoàn thiện mạng lưới giao thông trong khu vực, tăng năng lực vận tải đường thủy trên hành lang đường thủy số 1.